สถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาเกิดจากความร่วมมือร่วมใจของคณะดุริยางคศาสตร์มหาวิทยาลัยศิลปากรและกระทรวงวัฒนธรรมที่ร่วมกันจัดทำโครงการจัดตั้งสถาบันดนตรีในรูปแบบของ Conservatory เพื่อเฉลิมพระเกียรติในมงคลวโรกาสที่สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ทรงเจริญพระชนมายุ ๘๔ พรรษา วันที่ ๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๐ ด้วยสำำนึกในพระกรุณาธิคุณที่ทรงบำำเพ็ญพระกรณียกิจน้อยใหญ่เพื่อชาวไทยตลอดมา รวมทั้งเพื่อสนองพระปณิธานที่จะพัฒนาดนตรีคลาสสิกในประเทศไทยให้ก้าวหน้าทัดเทียมนานาชาติ เมื่อศาสตราจารย์เกียรติคุณ คุณหญิงไขศรี ศรีอรุณรัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรมในเวลานั้นกราบทูลให้ทรงทราบ สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ก็ได้มีพระกรุณาธิคุณพระราชทานชื่อสถาบันว่า "สถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา"
วันที่ ๒๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๐
ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีชุดพลเอกสุรยุทธ จุลานนท์ ได้ให้ความเห็นชอบโครงการจัดตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาเป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนากรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ในวโรกาสทรงเจริญพระชนมายุ ๗ รอบ ๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๐
วันที่ ๑๑ กรกฏาคม พ.ศ. ๒๕๕๐
ในการประชุมครั้งที่ ๔/๒๕๕๐สภามหาวิทยาลัยศิลปากร ได้เห็นชอบโครงการจัดตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา เป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร ตามที่สำนักงบประมาณได้เสนอแนะ เพื่อให้สามารถของบประมาณแผ่นดินมาดำเนินการในการจัดตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาได้
วันที่ ๒๑ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๐
กระทรวงวัฒนธรรมได้มีหนังสือขอความอนุเคราะห์กระทรวงอุตสาหกรรม ขอใช้พื้นที่ ๑๔ ไร่ บริเวณโรงงานสุราบางยี่ขันเดิมเชิงสะพานพระราม ๘ ฝั่งธนบุรี เพื่อใช้เป็นพื้นที่จัดตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาโดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี องค์ที่ปรึกษากิตติมศักดิ์ของโครงการจัดตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา ได้เสด็จพระราชดำเนินเมื่อวันที่ ๑๗พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๕๐ ทอดพระเนตรสถานที่ ทั้งอาคารโรงล้างขวด (ซึ่งต่อมาคณะกรรมการพิเศษประสานงานโครงการในพระราชดำริ (กปร.) ได้บูรณะและใช้เป็นสำนักงานคณะกรรมการพิเศษประสานงานโครงการในพระราชดำริและมูลนิธิชัยพัฒนา) อาคารอำนวยการโรงงานบางยี่ขัน (เดิม) และอาคารอนุรักษ์ซึ่งอยู่ในความดูแลของกรมศิลปากร
วันที่ ๒๕ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๕๐
ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีเห็นชอบให้จัดตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา และอนุมัติงบประมาณจำนวน ๒๒,๕๓๕,๗๕๐ บาท สำหรับการดำเนินการเบื้องต้นของโครงการฯ
วันที่ ๒๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๕๑
มหาวิทยาลัยศิลปากรแต่งตั้งคณะทำงานด้านออกแบบก่อสร้างและสถาปัตยกรรมของสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา และคณะทำงานด้านการจัดหลักสูตรการเรียนการสอนสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา
วันที่ ๑๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๑
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี มีพระราชกระแสให้ขอใช้พื้นที่บริเวณโรงงานสุราบางยี่ขัน เพื่อใช้เป็นสถานที่ตั้งสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา
วันที่ ๑๐ กรกฏาคม พ.ศ. ๒๕๕๒
กรมธนารักษ์ กระทรวงการคลังตอบอนุญาตให้มหาวิทยาลัยศิลปากรใช้อาคารราชพัสดุของกรมส่งเสริมอุตสาหกรรม กระทรวงอุตสาหกรรมเพื่อปรับปรุงเป็นอาคารอำนวยการ ได้รับงบประมาณในปีพ.ศ. ๒๕๕๒ เพื่อปรับปรุงเป็นเงิน ๒๐ ล้านบาท และในปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๕๓ จำนวน ๑๐ ล้านบาท
วันที่ ๑๑ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๒
กรมส่งเสริมอุตสาหกรรมกระทรวงอุตสาหกรรมอนุญาตให้สถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาใช้พื้นที่ว่าง ๑,๗๓๐ ตารางเมตร ในบริเวณโรงงานบางยี่ขัน (เดิม) เป็นที่สร้างอาคารเรียนของสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา ซึ่งได้รับงบประมาณแผ่นดินปี ๒๕๕๔ ถึงปี ๒๕๕๗ ในการก่อสร้างเป็น ๑๒๗,๕๙๙,๐๐๐ บาท โดยบริษัทสถาปนิก A ๔๙ จำกัด ภายใต้คำแนะนำของอาจารย์นิธิ สถาปิตานนท์ ซึ่งเป็นผู้ออกแบบ เริ่มก่อสร้างในปี พ.ศ. ๒๕๕๔ โดยบริษัทเอสอินเตอร์ แอนด์ แอสโซซิเอทส์ จำกัด เป็นผู้รับจ้างก่อสร้าง ควรแล้วเสร็จใน ปีพ.ศ. ๒๕๕๖ อาคารดังกล่าวเป็นอาคาร ๔ ชั้นพื้นที่ใช้สอย ๔,๑๘๐ ตารางเมตร
วันที่ ๙ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๔
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จทรงเปิดอาคารสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา พร้อมกับอาคารของมูลนิธิชัยพัฒนา และอาคารของสำนักงานคณะกรรมการพิเศษประสานงานโครงการในพระราชดำริ (กปร.) และทรงเจิมศิลาฤกษ์อาคารเรียนของสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา อาคารอำนวยการนี้มีพื้นที่ใช้สอย๑,๖๗๔ ตารางเมตร ชั้นล่างเป็นหอประชุม ชั้นที่ ๒ เป็นสำนักงานสถาบันฯ
ในการเสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคารอำนวยการสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา เมื่อวันที่ ๙ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๔ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้รับสั่งกับ ดร.โสมสุดา ลียะวณิช อธิบดีกรมศิลปากรซึ่งไปร่วมรับเสด็จฯ ในงานดังกล่าวว่า ให้กรมศิลปากรบูรณะอาคารอนุรักษ์ที่ตั้งอยู่ข้างอาคารอำนวยการ แล้วมอบให้สถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาเพื่อใช้ประโยชน์
กรมศิลปากรได้สนองพระราชดำริโดยได้ตั้งงบประมาณ ๓๖ ล้านบาทในปี พ.ศ. ๒๕๕๕ และปี พ.ศ. ๒๕๕๖ เพื่อบูรณะ คาดว่าการดำเนินงานจะแล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๕๗อาคารอำนวยการสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาได้รับผลกระทบจากสถานการณ์อุทกภัยในเดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๕๔ สำนักงบประมาณได้จัดสรรงบกลางเพื่อช่วยเหลือฟื้นฟูเยียวยาผู้ประสบอุกภัยเป็นจำนวน ๒,๓๕๗,๖๐๐การซ่อมแซมแล้วเสร็จเมื่อวันที่ ๒๒ เมษายน พ.ศ. ๒๕๕๕
วันที่ ๗ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๕๔
พระครูศิริธรรมานุรักษ์ เจ้าอาวาสวัดพระยาศิริไอยสวรรย์ประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารเรียนสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา โดยประดิษฐานแผ่นศิลาฤกษ์ที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีได้ทรงเจิมพระราชทานแล้ว
วันที่ ๑๕ มีนาคม พ.ศง ๒๕๕๕
สภาผู้แทนราษฎรลงมติเห็นชอบพระราชบัญญัติสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา พ.ศ. ๒๕๕๕
วันที่ ๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๕๕
นางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี ได้นำพระราชบัญญติสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา พ.ศ. ๒๕๕๕ ขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว
วันที่ ๒๕ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๕
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ลงพระปรมาภิไธยในพระราชบัญญัติสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา พ.ศ. ๒๕๕๕ อันมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ ๒๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๕
วันที่ ๒๖ กรกฏาคม พ.ศ. ๒๕๕๕
ผู้บริหารและบุคลากรของสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนา ได้ย้ายที่ทำงานจากตึกสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยศิลปากร ตลิ่งชัน มาปฏิบัติงานที่อาคารอำนวยการของสถาบันดนตรีกัลยาณิวัฒนาเลขที่ ๒๐๑๐ ถนน อรุณอัมรินทร์ ๓๖ แขวงบางยี่ขัน เขตบางพลัด กรุงเทพฯ ๑๐๗๐๐